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vendredi 2 décembre 2011

LA MYCOLOGIE MEDICALE : L'ESSENTIEL

La Mycologie Médicale : L'essentiel

L'essentiel a connaitre en mycologie médicale

Table des matières


LES AUTEURS

Salim Djelouat
Professor Medical Analyses and Medical bacteriology / Scientific Author / knolAuteur
Patrice Bouyrat Demars
développeur web, Agen



LA MYCOLOGIE MÉDICALE
PAR : Salim Djelouat





01 - Introduction :


    Soupçonnées depuis l’antiquité, les mycoses ne deviennent une entité clinique , qu'avec l’apparition du microscope vers le 18e siècle.
    Les premières cultures sont obtenues et codifiées en laboratoire à la fin du 19e et au début du 20e siècle.
    C’est à partir des années 1970-80 que la mycologie médicale prend son véritable essor (survie grâce à la thérapeutique, immunodépression induite ou acquise).



02 - Qu'appelle-t-on mycose ?

    Les mycoses sont des lésions provoquées chez l’homme par des champignons microscopiques.
    Les champignons toxiques par ingestion concernent la réanimation médicale et la toxicologie.
    La mycologie médicale étudie les champignons microscopiques susceptibles de provoquer chez l’homme l’installation d’un état pathogène lié à :



une localisation superficielle : atteinte de la peau et des phanères ainsi que de l’ensemble des muqueuses, en particulier les tractus digestifs et génitaux



    • une localisation profonde : atteinte organique, multi organique, viscérale, septicémique.



03 - Les agents pathogènes, responsables des mycoses :


    Les champignons sont des eucaryotes dépourvus de chlorophylle et ne comportent ni feuilles, ni tiges, ni racines.
    Ils se nourrissent par absorption trans-membranaire.
    Ils sont en général saprophytes ou commensaux mais peuvent devenir parasites sous différentes conditions.
    C’est le passage de la forme saprophyte à la forme parasite (opportunisme) qui génère la pathogénicité d’un champignon.
 

04 - Classification :


    Les champignons ont longtemps fait partie du règne des plantes.
    Ils sont actuellement classés dans un règne (phylum) propre : Fungus.
    Parmi les nombreuses classifications existantes concernant les champignons telles que, leur taille (soit macro ou micromycètes), soit sur des critères morphologiques (tel que le genre ou l’espèce), le classement de mycologie médicales en trois grands groupes distincts reste le plus simple et le plus adopté.

    On distingue ainsi :

    1. les champignons filamenteux
    2. les champignons levuriformes (levures)
    3. les champignons dimorphiques

    1. Les champignons filamenteux

    Ils naissent de
la germination d’une spore.
    De la spore na ît un filament qui va se développer puis se diviser en se ramifiant et va  constituer un enchevêtrement de filaments formant le mycélium.
    Les filaments f orment des tubes limités par des parois et contiennent des noyaux et du cytoplasme.
    Dans la majorité des espèces, les filaments sont cloisonnés.
    Les champignons filamenteux sont identifiés généralement sur les caractères morphologiques de leur reproduction non sexuée qui a pour finalité la pérennité d’une espèce.
    En produisant des spores appelées aussi conidies.
    Elles peuvent être de formes et de tailles très variables
    Ces spores sont des organes de résistance et de dissémination.
    Elles peuvent naître directement du filament ou à partir d’organes spécialisés (phialides, sporocystes…).
    Dans certains cas, un filament spécialisé appelé conidiophore porte ces organes de reproduction.    Le diagnostic de genre et d’espèce des champignons filamenteux s’effectue sur :

    • l'aspect macroscopique
    • la couleur des colonies
    • la morphologie microscopique
    • les caractères des organes de fructification
    Une grande partie des champignons filamenteux sont ce que l’on appelle des moisissures.

    

    2. Les levures ou champignons lévuriformes

svt.ac-rouen.fr

Une levure est constituée d’une cellule, élément de base.
Cette levure se reproduit par bourgeonnement unique ou multiple.
Dans certains cas ce bourgeonnement s’allonge générant une expansion qu’on appelle pseudo filament.



    Les principaux genres retrouvés chez l’homme  sont :
    • candida
    • cryptococcus
    • saccharomyces
    Certaines espèces restent toujours sous forme levures, d’autres présentent les deux formes : levures avec des pseudo filaments.
    Dans les tissus humains on retrouve les deux formes (levure et pseudo filament).
    Certaines particularités de morphologie microscopique orientent vers l’identification immédiate de genres ou d’espèces particulières :
    • les chlamydospores (candida albicans)
ou

    • les formes encapsulées (candida néoformans)

    Dans d’autres les aspects morphologiques d’identification sont insuffisants et doit faire alors appelles :
    • aux caractères microscopiques
    • aux conditions de croissance
    • à l'aspect des cultures sur milieux spéciaux

    3. Les champignons dimorphiques

    Ce sont des champignons plus rarement rencontrés et ont une origine beaucoup plus tropicales et ceux sont des agents responsables des « mycoses exotiques ». 
    Ils ont un développement intermédiaire  entre les champignons précédents.
    La contamination se fait à partir  d’une spore de champignon soit par voie aérienne (pulmonaires surtout), soit par voie transcutanée.
    Après pénétration dans l’organisme, les spores germent et prennent une forme levure.
    Toute la symptomatologie clinique est due au développement de ces levures.
    Lorsque ces levures sont extraites de leur hôte et se retrouvent dans l’environnement ou sont ensemencées sur un milieu de culture, elles évoluent à nouveau en un champignon filamenteux.
    


5 - Quel est le rôle pathogène des champignons ?  


    Il existe plus d’un million d’espèces regroupées dans environ 4 000 genres.
Plus de 500 espèces ont été décrites comme susceptibles d’être pathogènes pour l’Homme.
    Mais seule une cinquantaine d’espèces sont régulièrement isolées de prélèvements d’origine humaine.

        1 - pénétration dans l'organisme
: elle se fait par trois voies principales  :

      • la voie cutanée pour les dermatophytes
      • la voie des muqueuses, pour le candidoses
      • la voie pulmonaire, pour les aspergilloses
        
        2 - transmission :
elle se fait surtout par l’intermédiaire de spores libres dans l’environnement par :
      • l’air (inhalation)
      • le sol (contact)
      • l’eau (piscines - alimentaire)
      • les animaux (surtout par leur contact)
      • les végétaux (alimentaire - piqûres)
      • l’homme (contact)
    Après pénétration dans l’organisme, un champignon peut rester quiescent chez le porteur, on parle alors soit de : 
    • de portage
    • de commensalisme
    • de colonisation
    Lors de sa pénétration dans l'organisme, le champignon peut rester au stade saprophyte.
    Dans certaines circonstances ou sous la pression de différents facteurs, ces champignons vont développer chez l’hôte une maladie : il y a passage du stade saprophyte au stade pathogène.

        3
- les principaux facteurs incriminés sont :

            A - facteurs intrinsèques (facteurs dépendants de l'hôte), ces facteurs peuvent être :

      • d'ordre physiologique :
        • âge (vieillesse ou nouveau - né)
        • grossesse (augmentation de presque 30% des candidoses)
      • d'ordre pathologiques :
        • hémopathies malignes (leucémies surtout)
        • le diabète
        • les problèmes d'endocrinopathies
        • un déficit acquis de l'immunité (Sida)

        B - facteurs extrinsèques (facteurs iatrogènes,surtout) :

    Il s'agit surtout de la prise de médicaments, tels que  :

      • les antibiotiques et plus particulièrement les antituberculeux
      • la prise de certains immunosuppresseurs
      • traitement par des corticoïdes ou des antimimotiques
      • lors de la pose des cathéters veineux ou artériels
      • sondes vésicales ou gastriques
      • pose de sondes vésicales ou gastriques
      • les chirurgies cardiaques, pulmonaires, osseuses
      • les transplantations d'organes ou les greffes...

6 - Quels  sont les principaux signes cliniques des mycoses ?


    Les mycoses se distinguent par des signes cliniques particuliers :
    • Une évolution lente, d’allure chronique ou subaiguë, pouvant durer plusieurs semaines à plusieurs mois
    • La formule et numération sanguine n’est pas ou peu influencée.
    • Une absence de fièvre (sauf en cas de septicémie ou de colonisation d’organes profonds)
    • Une absence de douleurs (sauf localisations nerveuses)
    • Un prurit, pour la majorité des atteintes cutanées
    • Une sensation inconstante de brûlure en localisation muqueuse

7 - Quels  sont les principales localisations des mycoses ?


    A - superficielles :

    • peau
    • phanères
    • les différentes muqueuses
    • le tube digestif

    B - profondes :

    • viscérales
    • ostéo - articulaires
    • septicémiques

8 - Répartition géographique des mycoses ?


    La plupart des mycoses sont cosmopolites.
    Mais certaines ne sont localisées qu’à une région particulière du globe ou aux zones intertropicales (telles que les mycoses exotiques).


9 - Le diagnostic biologique des mycoses :


    A - le diagnostic direct repose sur l'isolement et l'identification de l'agent responsable :

        a1 - prélèvements :

      • prélèvements de la peau, des cheveux et des ongles
      • prélèvements des muqueuses et des orifices naturels
      • prélèvements des sécrétions pulmonaires
      • prélèvements du liquide céphalorachidien
      • prélèvements de sang (hémoculture ou sérologie)
      • prélèvements d'urines
      • prélèvements des selles
      • biopsies superficielles ou d'organes profonds
      • nombreux autres prélèvements possibles

        a2 - précautions à prendre lors des prélèvements :

      • choix du contenant (stérilité)
      • les risques liés aux prélèvements
      • les diffèrentes protection

        a3 - acheminement des prélèvements :

      • respect des conditions
      • rapidité d'acheminement

        a4 - traitement des prélèvements :

      • travailler sous hotte à flux laminaire
      • le matériel doit être jetable
      • utilisation de gants et de sarrau de protection

        a5 - démarche d'identification :

            - l'examen direct :
    Il se fait en fonction du type de prélèvement et de la recherche demandée (dermatophytes, autres champignons.
    Entre lame et lamelle, avec adjonction ou non d’un colorant.
    Dans le cas d’un examen direct positif, surtout dans le cas des champignons filamenteux, la réponse doit être donnée immédiatement au clinicien pour la prise en charge médicale.

        - culture, isolement et identification :
    Ensemencement sur les diffèrents milieux de culture, en veillant à faire de bons isolements
    Lecture des ensemencements en respectant l'incubation et faire un examen macroscopique des milieux de culture
    Identification par des techniques spéciales et à partir des diffèrents milieux d'identification utilisés
interprétation des résultats


    B - le diagnostic immunologique repose sur des techniques sérologiques :

  • recherche d'anticorps :

      • aspergillus +++
      • candida +/-

  • recherche d'antigènes circulant :

      • aspergillus +++
      • candida +
      • cryptocoques +++

    C - la biologie moléculaire :

    • diagnostic
    • identification
    • typage épidémiologique


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